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離子色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離均在色譜柱中完成，并且一般比常規液相色譜柱價格要貴很多。作為一種有效分離檢測離子的分析儀器,在水質分析實驗中已廣泛應用。這種高效分離痕量離子的檢測儀具有分析速度快、檢測靈敏度高、選擇性好,并且可同時檢測多種離子的優點。
離子色譜柱由柱管、壓帽、卡套(密封環)、篩板(濾片)、接頭、螺絲等組成。柱管多用不銹鋼制成，壓力不高于70kg/cm2時，也可采用厚壁玻璃或石英管，管內壁要求有很高的光潔度。為提高柱效，減小管壁效應，不銹鋼柱內壁多經過拋光。也有人在不銹鋼柱內壁涂敷氟塑料以提高內壁的光潔度，其效果與拋光相同。還有使用熔融硅或玻璃襯里的，用于細管柱。色譜柱兩端的柱接頭內裝有篩板，是燒結不銹鋼或鈦合金，孔徑0.2~20µm(5~10µm)，取決于填料粒度，目的是防止填料漏出。
管路阻塞是離子色譜柱的主要故障之一，常見的故障原因是：1、淋洗液沒有過濾，有固體顆粒物；2、樣品沒有過濾，有固體顆粒物；3、泵的磨損碎片、進樣閥墊圈碎片進入系統；4、保護信，分析柱過濾片破碎，柱填料漏出；5、系統長時間不用，淋洗液中有結晶析出；系統中微生物或細菌的繁殖。
造成管路阻塞的原因雖然較多，但系統中管路阻塞的現象很少發生，常見的應該是儲液器中燒結過濾器阻塞，燒結過濾器的孔徑一般是0.45-5um，可以過濾掉絕大部分固體顆粒物，即使阻塞也可以方便的更換。
較大顆粒造成管路*阻塞后系統的壓力會突然升高，小顆粒物的聚集使系統壓力逐漸升高。排除比較簡單，一般是采用分段排除法。在泵啟動狀態下，從后向前分別松開每一部分的接頭，直到壓力突然降低，即可確認是該部分造成的阻塞，應進行更換或疏導。由于管內徑很小，要導通十分困難，難以將系統的其它部分斷開，將阻塞部分接頭直接與高壓泵連接，用大流量進行反向沖洗，如果是細小結晶、微生物、小顆粒等可能有效；如果是剛性顆粒物阻塞一般很難用此法解決，可以更換新的管子。
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