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磁珠提取實時熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)，實時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價太大了，一般的實驗室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。
一般來講PCR升降溫速度越快，實驗需要的時間越少。需要的時間越少，意味著在中間溫度可能產(chǎn)生的非特異擴增越少。并且，通常升降溫速度，也從側(cè)面體現(xiàn)了儀器控溫能力的好快。
PCR儀就價格來看，每秒變溫越多（現(xiàn)在主流的是每秒4到7攝氏度），價格就越高，儀器越好。主要因為加熱模塊材質(zhì)的差別。在普通PCR儀設(shè)計基礎(chǔ)上增加熒光信號激發(fā)和采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。
其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標(biāo)記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結(jié)合擴增。擴增的結(jié)果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統(tǒng)，得出量化的實時結(jié)果輸出。
磁珠提取實時熒光定量PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當(dāng)只用一種熒光探針標(biāo)記的時候，選用單通道；有多種熒光標(biāo)記的時候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標(biāo)記和目的基因表達產(chǎn)物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現(xiàn)一次檢測多種目的基因的功能。
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