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標準菌種在培養或保藏過程中，可能會出現某些優良生產性狀的劣化、遺傳標記丟失、典型特征改變等現象，稱為菌種衰退。比如蘇云金芽孢桿菌由于菌種衰退，導致其新生的菌體芽孢和伴孢晶體都比較小；保藏的沙門氏菌鞭毛抗原丟失，導致H多價血清不凝固等。
標準菌種使用注意事項：
1.從事其進出口的單位，除具備菌種生產經營許可證以外，還應當依照國家外貿法律、行政法規的規定取得從事菌種進出口貿易的資格。
2.進出口審批單有效期為3個月。
3.為境外制種進口菌種的，可以不受注釋1的限制，但應當具有對外制種合同。進口的菌種只能用于制種，其產品不得在國內銷售。
4.從境外引進試驗用菌種及擴繁得到的菌種不得作為商品菌種出售。
標準菌種的使用說明：
1.復蘇前應準備適于該菌種生長的固體、液體培養基和培養設備，所有操作均應在符合生物安全保護及無菌條件下進行。
2.啟開菌種前，用75%酒精棉消毒西林瓶表面。在無菌條件下，按鋁蓋上的箭頭方向打開塑蓋，撕開鋁蓋，打開西林瓶膠塞，加入0.3mL左右的配套液體培養基，用無菌滴管反復吹吸，將凍干菌種溶解成為懸液，然后用無菌滴管或接種環移至斜面、平板或液體培養基，并連同剩余菌懸液的西林瓶一起放置于36℃培養箱中進行培養。
3.次日觀察它的生長情況，如未生長，應繼續培養24h，或吸取培養之后的菌懸液中再次接種培養基，培養24h觀察。
4.標準菌株為一次性使用品，開啟之后不能反復使用或保存，暫不開啟的菌種應在4℃保藏。
5.復蘇后在傳1-2代后使用，建議菌種使用5代后棄用。
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