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多肽固相合成技術的發明同時促進了肽合成的自動化。真正意義上的多肽合成儀出現在1960年代末至1970年代初期，它是利用氮氣鼓泡或者震蕩來對反應物進行攪拌，用計算機程序控制來實現有限度的自動合成。即為后來總結歸納出的第一代多肽合成儀。雖然在攪拌方式和其他各項功能方面有著明顯的缺陷，但是它畢竟把人從實驗室里解放出來，極大地提高了工作效率，所以受到了多肽科學家的一致贊揚。
多肽合成儀的運行原理：
多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序(序列，一般從C端-羧基端 向 N端-氨基端)不斷添加、反應、合成，操作最終得到多肽載體。固相合成法，大大的減輕了每步產品提純的難度。為了防止副反應的發生，參加反應的氨基酸的側鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。固相合成方法有兩種，即Fmoc和tBoc。由于Fmoc比tBoc存在很多優勢，現在大多采用Fmoc法合成，但對于某些短肽，tBoc因其產率高的優勢仍然被很多企業所采用。
多肽合成儀具體合成由下列幾個循環組成：
1) 去保護：Fmoc保護的柱子和單體必須用一種堿性溶劑(piperidine)去 除氨基的保護基團。
2) 激活和交聯：下一個氨基酸的羧基被一種活化劑所活化。活化的單體與游離的氨基反應交聯，形成肽鍵。在此步驟使用大量的超濃度試劑驅使反應完成。循環：這兩步反應反復循環直到合成完成。
3) 洗脫和脫保護：多肽從柱上洗脫下來，其保護基團被一種脫保護劑(TFA) 洗脫和脫保護。
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