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氦離子化色譜儀的衍生化主要是為了提高目的物的可檢測性。對于氣相色譜，主要是為了增強目的物的揮發性或改善目的物的極性。對于液相色譜儀，主要是為了提高檢測器對目的物的響應。
對含有未知組分的樣品，首先必須將其分離，然后才能對有關組分進行進一步的分析。混合物的分離是基于組分的物理化學性質的差異，主要是利用物質的沸點、極性及吸附性質的差異來實現混合物的分離。
待分析樣品在汽化室汽化后被惰性氣體(即載氣，一般是N2、He等)帶入氦離子化色譜儀色譜柱，由于樣品中各組分的沸點、極性或吸附性能不同，每種組分都傾向于在流動相和固定相之間形成分配或吸附平衡。
氦離子化色譜儀是高效液相色譜的一種，是用來分析陰陽離子的色譜方法下面是氦離子化色譜儀在使用前須了解下面這些事項：
1、流動相瓶中濾頭要注意始終處于液面以下，防止將溶液吸干。
2、啟動泵前觀察從流動相瓶到泵之間的管路中是否有氣泡，如果有則應將其排除。
排除方法如下：先將與泵相連的塑料流路接頭擰下來，用洗耳球吸滿去離子水，從與泵段相連的流路管中注入，將流路管中的氣泡排除干凈。然后再將流動相瓶(一般為去離子水瓶)抬高，再將流路接頭與泵連接好。啟動泵，打開泵內排氣閥選鈕，將泵內氣泡排除干凈，一般觀察為流出液比較均勻，再將泵排氣閥擰緊。(注意：此項操作時，整個流路是與色譜柱斷開的)
3、用去離子水或流動相清洗整個流路時，可以采用大流量清洗(一般可將流量設置為2.0ml/min，但不能再太大)以縮短清洗時間，但在通流動相接色譜柱時需要將流量調整為色譜柱使用流量條件。
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