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為了氣相色譜質譜聯用儀的正常工作，必須要組成高真空系統的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構成兩級真空機組以確保所需的真空。被分析樣品經毛細管柱分離，進入離子源，采用電子電力標準配置(EI)，產生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統。四極桿在高頻電壓與正負電壓聯合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四極場運動方程的離子才能通過四極桿對稱中心到達離子檢測器，再經離子流放大器放大，產生質譜信號。得到了質譜圖，通過解釋譜圖或進行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。
待分析樣品通過載氣（氫氣或氦氣）經過GC色譜柱得到初步分離，從色譜柱流出的各組分經過GC-MS接口模塊傳輸進入MS模塊的離子源單元，在這里各組分被離子化形成離子，進而被MS模塊中的質量分析分析，分析獲得的數據由GC-MS平臺的數據處理模塊進行處理、顯示，并進行數據庫搜索和比對。氣相色譜質譜聯用儀整個分析過程所涉及到的流程處理順序均由GC-MS平臺的儀器控制模塊進行控制和協調。
氣相色譜質譜聯用儀氣相色譜法–質譜法聯用是一種結合氣相色譜和質譜的特性，在試樣中鑒別不同物質的方法。其主要應用于工業檢測、食品安全、環境保護等眾多領域。如農藥殘留、食品添加劑等；紡織品檢測如禁用偶氮染料、含氯苯酚檢測等。化妝品檢測如二惡烷，香精香料檢測等；電子電器產品檢測，如多溴聯苯、多溴聯苯醚檢測等；物證檢驗中可能涉及各種各樣的復雜化合物，氣質聯用儀器對于這些司法鑒定過程中復雜化合物的定性定量分析提供強有力的支持。
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