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毛細管電泳實際上包含電泳、色譜及其交叉內容，它使分析化學得以從微升水平進入納升水平，并使單細胞分析，乃至單分子分析成為可能。雙電層是指兩相之間的分離表面由相對固定和游離的兩部分離子組成的與表面異號的離子層，凡是浸沒在液體中的界面都會產生雙電層。在毛細管電泳中，無論是帶電粒子的表面還是毛細管管壁的表面都有雙電層。
毛細管電泳故障解決
1 斷流的可能原因
a、有氣泡。解決辦法：所有進入毛細管的液體都要超聲排氣，特別是容易起氣泡的溶液，如SDS。
b、有沉淀物。解決辦法：所有進入毛細管的液體都要過濾，濾膜孔徑要比毛細管內徑小。
c、毛細管有裂口，最容易裂的地方是窗口處和毛細管出口端，有時候看不出來，因為加壓注水的時候仍能看到液滴出來，需要用手碰一碰才能發現。
2 基線漂移
a、毛細管沒活化好：需要用0.1 M氫氧化鈉多沖一沖
b、毛細管沒平衡好：沖完氫氧化鈉和水后需要用buffer再沖一段時間，這個時間得根據buffer的組成而定。必要時候需要跑空白一段時間。
c、燈接近壽命：查看燈的使用時間，如果已經兩千多個小時接近三千小時的話，可以考慮換燈了。
d、毛細管壽命已到。毛細管是有使用壽命的，這個壽命長短說不好，得看你怎么保養，當然，還跟使用的buffer有關。有些buffer特別傷管子的。
3 常見緩沖溶液的使用
緩沖溶液一般是先配好stock solution，使用的時候再進行稀釋。但是stock solution也不能長時間存放，0.1 M 的磷酸、硼砂等溶液常溫下一個星期就會有變化，再長時間可以看到有沉淀析出。但是也不能因此放到冰箱去，因為放到冰箱也會有沉淀析出，最好常溫存放，然后每星期重配一次。另外，配置硼砂的時候要稍微加熱幫助溶解，不然溶解不了。但加熱也不要太猛烈，不然溶解效果也是不好。
4 sds使用注意事項
sds在配置過程中容易產生氣泡，所以如果用容量瓶來配置是不實際的。這時候就不能對sds的濃度做精確要求。所以，一般用量筒或者離心管配置就好了，加水的時候用玻棒引流，小心的攪拌，邊配置邊超聲促進溶解。
5 毛細管的使用和維護
避免用強堿溶液長時間沖洗，比如1 M氫氧化鈉，內壁會被腐蝕的。長時間不用的時候應該吹干，兩端密封保存。也有人建議用水封存。
6 UV燈的使用注意事項
不要暴力關電，要在操作界面按關燈鍵。一般不超過兩小時暫停檢測不需要關燈，因為開關燈都是會對燈造成損害的。
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