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單細胞分選通過細胞識別、細胞挑取和細胞轉移、跟蹤實時分析四個步驟可以實現對懸浮體系中任何單一類型細胞或稀有細胞（如循環腫瘤細胞、內皮細胞、干細胞以及血液、骨髓中相關細胞等）的抓取分離、分析，細胞可以轉移到PCR管等后續實驗裝置。
利用流式細胞分選技術進行的單細胞分選，具有精度高、通量大、分選參數多，成本相對低等優點，通過流式分選出足夠多的符合要求的單細胞進行下游實驗并沒有那么容易。
一、下面三方面是要考慮的問題：
1、活性
細胞活性狀態對后續實驗而言很重要，就拿轉錄組分析為例，無論是RNA-Seq還是高通量表達譜芯片技術，都需要高質量的RNA樣本，細胞活性不好或死細胞會直接導致RNA降解，實驗無法繼續。
2、精度
流式分選是精密度高的儀器，稍稍不同的參數（激光、液流等）的設置都會直接造成結果偏差；另外既然是想研究單細胞，那么就得確保分選得到的確為單個細胞，否則同樣沒有意義。
3、效率
自動化替代人工無疑是提高效率、節省成本的舉措；當你需要分選超低含量的細胞時，務必是個長時間工程，鞘液用光時，其更換繁瑣度、耗時、連續性等都是需要考慮的。
二、單細胞分選優勢：
1、可直接從培養皿中進行細胞分選。
2、分離粘結活細胞的細胞亞群，分離熒光或者冷光標記。
3、無標記的和熒光的細胞都可通過軟件進行自動識別。
4、可確保細胞分離后活力，并且可培養。
5、分選熒光分子探針標記的特定細胞。
6、單細胞收集進行進一步培養、克隆，RNA或者蛋白質制備。
7、免疫制備，進行目標細胞分類。
8、可對各種粘結細胞進行分類。
9、細胞篩選前的細胞培養。
10、一般的分選過程只需幾分鐘就可完成。
11、使用安裝在顯微鏡上的熒光濾片可實現多通道監測。
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