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飛納電子顯微鏡是根據電子光學原理，用電子束和電子透鏡代替光束和光學透鏡，使物質的細微結構在非常高的放大倍數下成像的儀器。
飛納電子顯微鏡的分辨能力是重要的指標，電子顯微鏡的分辨能力以它所能分辨的相鄰兩點的間距來表示，即稱為該儀器的高點分辨率：d＝δ。顯然，分辨率越高，即d的數值（為長度單位）愈小，則儀器所能分清被觀察物體的細節也就愈多愈豐富，也就是說這臺儀器的分辨能力或分辨本領越強。
由電子槍發射的精細聚焦電子束經兩級聚光鏡、偏轉線圈和物鏡射到樣品上，掃描樣品表面并激發出次級電子，次級電子的產生量與電子束入射角有關，即與樣品的表面結構有關。
次級電子經探測體收集后，由閃爍器轉換為光信號，再經光電倍增管和放大器轉變為電信號來控制熒光屏上電子束的強度，顯示出與電子束同步的掃描圖像。
圖像為立體形象，反映了標本的表面結構。掃描電鏡的標本在檢驗前，需進行固定、脫水處理，再噴涂上一層重金屬微粒，重金屬在電子束的轟擊下發出次級電子信號。
電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發射式電子顯微鏡等。
1、透射式電子顯微鏡常用于觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細微物質結構；
2、掃描式電子顯微鏡主要用于觀察固體表面的形貌，也能與X射線衍射儀或電子能譜儀相結合，構成電子微探針，用于物質成分分析；
3、發射式電子顯微鏡用于自發射電子表面的研究。
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