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一、試劑驅動系統
一般地，DNA合成儀采用一定壓力的惰性氣體(氬氣)或氮氣及電磁閥組驅動液體試劑，也可采用氦氣驅動試劑。某些合成儀采用sliderblock滑塊系統及精密蠕動泵，可不采用氣體為驅動系統。采用氣體及電磁閥驅動液體試劑時，需首先將管路系統電磁閥前段，含試劑瓶組中壓力加壓到規定氣壓，通過合成管理軟件或手動打開電磁閥(一般打開時間為數ms)，即可驅動液體試劑到所需的合成柱中。
二、輸送電磁閥
試劑輸送系統包括兩個試劑閥塊(8堿基儀器有3個)及2個或4個柱閥塊。閥塊控制氣體和化學試劑流入柱子及出口。除亞磷酰胺和四唑以外，試劑和溶劑都被同時輸送到所有活化柱。當有多個活化柱時，對流速的細微變化，以自動調節每個柱子的輸送次數來補償。每一個5—端口柱閥塊將流出物導入廢液口、DMT收集口，或DNA收集瓶，它也控制用于除去或沖洗柱內和柱閥塊內的試劑的氬氣。
三、電池
DNA合成儀一般帶有鋰電池，可以使用幾年。當主電源斷開時，所有的合成參數都被保留下來。這些參數包括儲存的DNA序列，用戶設定的循環、步驟和功能，以及瓶子使用資料等。如果正在合成中電源出現故障，合成將被中斷，只有主電源恢復時合成才可重新開始。電池還保持合成儀內部的時鐘計時。
四、亞磷酰胺瓶排氣
除了加壓外，亞磷酰胺瓶都是用壓力排氣管排氣的。把亞磷酰胺放入儀器前，要用氬氣排除空氣使其凈化。凈化是通過輸送管輸送氣體，當氣體輸送到瓶內時，空氣經壓力排氣管排出。這是由瓶子更換步驟自動完成的。廢液瓶是輸送系統的低壓側，必須將出口與大氣相通。要確保排氣管通到通風柜。如果排氣管阻塞，將會產生反壓，試劑和溶劑的輸送會受到抑制。
五、試劑和堿基瓶組
DNA合成儀一般需堿基瓶組及試劑瓶組。試劑瓶組一般最少為6個，含脫保護劑(Deb)、活化劑(act)、蓋帽試劑A(capA)、蓋帽試劑B(capB)、氧化劑(OXI)及洗脫乙腈(ACN)，每種儀器一般都多設置1-2個試劑瓶位，用于特殊產物的合成。堿基瓶組一般最少為4個標準堿基(A/C/G/T),同時搭配2-多個特殊堿基瓶位，用于熒光標記等合成。
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