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在線氫氣發生器作為氫氣制備源對混入空氣雜質的把關尤為重要。常壓啟動輸出均會出現空氣混入系統內部或管路內部的可能，造成氫氣中混有其他雜質，影響分析實驗結果的準確性，一旦氫空混合達到爆炸限度必會造成安全隱患。
在線氫氣發生器使用時應注意流量指示是否與色譜儀用氣量一致，如流量指示超過色譜儀實際用量較大時，應停機檢漏，其方法參照儀器的故障原因與排除方法進行調整，再用自檢方法檢查合格后方可使用。
在線氫氣發生器使用一段時間后，電解液會逐漸減少，當電解液位接近下限應及時補水，此時只需加入二次蒸餾水即可，加液或加水時液位不要超過上限，也不能低于下限。
氫氣發生器從原理上來講都屬于電解制氫，具體的區別在于核心部件電解槽的類型，即：堿性電解槽、基于離子交換技術的聚合物薄膜電解槽和固體氧化物電解槽。
純水電解制氫把滿足要求的電解水(電阻率大于1MΩ/cm，電子或分析行業用的去離子水或二次蒸餾水皆可)送入電解槽陽極室，通電后水便立刻在陽極分解：2H2O=4H++2O-2，分解成的負氧離子(O-2)，隨即在陽極放出電子，形成氧氣(O2)，從陽極室排出，攜帶部份水進入水槽，水可循環使用，氧氣從水槽上蓋小孔放入大氣。
氫質子以水合離子的形式，在電場力的作用下，通過SPE離子膜，到達陰極吸收電子形成氫氣，從陰極室排出后，進入氣水分離器，在此除去從電解槽攜帶出的大部分水份，含微量水份的氫氣再經干燥器吸濕后，純度便達到99.999%以上。
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