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液相色譜系統一般會出現的問題：
1、泵易出現的問題：
泵流速變小、柱壓低或不吸液流量不穩或壓力不穩漏液壓力顯示過高；泵流速變小、柱壓低的原因泵內有氣泡；溶劑過濾器阻塞；入口單向閥過濾片阻塞；泵中兩種溶劑不互溶；柱塞密封泄漏；連接管路泄漏。流量不穩或壓力不穩的原因泵頭內聚集了氣泡；泵中溶劑分層；泵頭失靈；入口單向閥污染；輸液管路漏液或部分堵塞。
2、漏液的原因
流動相從主副泵頭清洗管流出：由于密封圈內環表面和柱塞桿表面粘有異物；流動相從泵頭和定位套間漏液：密封圈外環密封不好；連接問題。
3、泵中氣泡的排除
液相色譜系統初次、長時間沒有使用、流動相脫氣效果不好等情況下系統內會出現氣體，導致壓力不穩、流速不穩甚至不能輸液等問題。輸液管中的氣泡可通過用泵的沖洗功能或者用注射器在放空閥排出；如果輸液管中無氣泡，流路中仍然無液體流出，可能是閥球閥座粘連，取出單向閥，向單向閥兩端分別吹氣，一通一堵為正常，兩端均堵說明閥球閥座粘連，需清洗閥球閥座。
4、基線噪音
樣品或檢測池污染；樣品或參比池中有氣泡；記錄儀或裝置接地不良；檢測器光源故障；連接件泄露；很小的氣泡通過檢測池；由泵的脈動引起的規則脈沖；有微粒通過檢測池；進樣閥樣品環部分堵塞；氘燈壽命到限。
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