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全自動菌落計數器是由圖像輸入、圖像處理軟件與數據儲存三個部分組成。軟件系統通過圖像輸入設備對培養好的菌落進行數字化圖像采集。
經USB口數據通信傳輸到計算機終端計數憑條，對輸入的數字圖像進行一系列圖像算法處理，輸出計數結果，根據情況進行人工校正，計數完成后可對相關文件進行保存，將輸出的數據存儲在計算機中。
目前，大多數實驗室仍然采用傳統的人工肉眼結合菌落計數器的計數方法：借助放大鏡的觀察，用計數筆點擊每一個菌落，計數器計數每一個點擊產生的壓力電子脈沖得出總數。這樣雖然成本低廉，但是也有很多的缺點：
1、識別和計數錯漏
所有的計數都依靠壓力對壓力脈沖產生次數的記錄，不同人員的操作產生的壓力不同就難免產生漏記，而且計數的結果也因操作人員對菌落的識別經驗不同而產生差異，系統偏差較大。很多實驗室在采用一段時間的全自動菌落計數器輔助計數以后，又“回歸”純粹人工肉眼計數。
2、標記和修正不便
肉眼計數和菌落計數器計數都依靠計數筆在被統計的菌落上留下墨水筆跡來進行標記，因此在存在密集菌落的情況下就標記不便，而且發現誤統計時需擦去墨水痕跡導致修正不便。
3、效率低下
肉眼計數和全自動菌落計數器計數都需要人工用肉眼識別每一個菌落，因此一旦樣品較多就會耗費大量的時間，影響研究或是結果報告的效率。
4、原始結果無法保存
在做完統計后，留下了一個統計數字，而對記錄和驗證實驗結果很重要的培養平板表面菌落生長狀況卻因為平板的洗掉而無法保存。
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