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高效液相色譜儀分配系數與組分、流動相和固定相的熱力學性質有關，也與溫度、壓力有關。在不同的色譜分離機制中，K有不同的概念：吸附色譜法為吸附系數，離子交換色譜法為選擇性系數(或稱交換系數)，凝膠色譜法為滲透參數。但一般情況可用分配系數來表示。
高效液相色譜儀色譜柱不平衡。有時液相色譜儀色譜柱的平衡時間很長，特別是當流動相發生變化時，液相色譜儀色譜柱的平衡時間需要很長。在沒有平衡之前，高效液相色譜的基線肯定是不穩定的。溶液:用中等極性溶劑沖洗。當改變流動相時，在分析前用10~20倍床體積的新流量沖洗液相色譜儀的色譜柱。
液相色譜經常發生基線不穩。主要原因和解決方法如下:
1.高壓泵止回閥堵塞導致基線波動；解決方法:拆除單向閥，用超聲波在純水中浸泡20分鐘以上，清除堵塞。
2.流動相溶解氣體引起的基線波動。解決方案：超聲波脫氣15-30分鐘或充氮一般可以解決。
3.高壓泵墊片損壞，造成液相色譜儀壓力波動和基線不穩定。解決方法:更換高壓泵的密封墊。
4.高壓泵或液相色譜儀的色譜柱設有泄漏點，解決辦法是查找和確定泄漏的位置。
5.液相色譜儀的色譜柱因各種原因產生氣泡。解決方法：在檢測器的水池出口加負壓調節器。
6.液相色譜儀檢測器波長設置不當，基線不穩定，因為沒有設置在最大吸收波長。解決方案:將探測器的測試波長調整到最大吸收波長。
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