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原子吸收光譜法原子化方式主要有火焰原子化和高溫石墨爐原子化等。根據元素的不同性質及含量可以選擇合適的原子化方式。
1、火焰式原子吸收光譜法( FLAA） 直接將樣品導入儀器進行偵測。其不同于感應耦合電漿原子發射光譜法者，為只能進行單一元素的檢測，及較不會受到元素間光譜線的干擾。笑氣/乙炔或空氣/乙炔火焰系作為將吸入的樣品解離的能源，使樣品變成自由的原子態，而可吸收待測原子的特定光線，分析某些元素時，所使用的溫度或火焰的形式極重要，若未使用適當的火焰及分析條件，則化學和離子化的干擾就會產生。 2、石墨爐式原子吸收光譜法( GFAA） 此法系以電熱式石墨爐取代火焰作為熱源，石墨爐可分數個加熱程序對樣品進行漸進式的加熱，因此，針對樣品溶液中的有機、無機分子和鹽類的溶劑之蒸發、干燥、分解及最后形成原子的過程，在火焰式原子吸收光譜法或感應耦合電漿原子發射光譜法中，于數個毫秒內即完成，但在石墨爐中則可于所設定的溫度及時間區間中，用足夠的時間進行之，且可利用升溫程序或基質修飾劑，去除待測物樣品中不需要的基質成份，以減少干擾。
本方法的優點是可提供較低的偵測極限，若樣品相當干凈，則易使用本方法執行樣品檢測。由于本方法極靈敏，因此，干擾問題較嚴重，針對基質復雜的樣品，如何找到最佳的消化方法，加熱溫度和加熱時間及基質修飾劑是一大挑戰。
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