吲哚乙酸在擴展的幼嫩葉片和頂端分生組織中合成，通過韌皮部的長距離運輸，自上而下地向基部積累。根部也能生產生長素，自下而上運輸。植物體內的生長素是由色氨酸通過一系列中間產物而形成的。其主要途徑是通過吲哚乙醛。吲哚乙醛可以由色氨酸先氧化脫氨成為吲哚丙酮酸后脫羧而成，也可以由色氨酸先脫羧成為色胺后氧化脫氨而形成。然后吲哚乙醛再氧化成吲哚乙酸。另一條可能的合成途徑是色氨酸通過吲哚乙腈轉變為吲哚乙酸。在植物體內吲哚乙酸可與其他物質結合而失去活性，如與天冬氨酸結合為吲哚乙酰天冬氨酸，與肌醇結合成吲哚乙酸肌醇，與葡萄糖結合成葡萄糖苷，與蛋白質結合成吲哚乙酸-蛋白質絡合物等。結合態吲哚乙酸常可占植物體內吲哚乙酸的50~90%，可能是生長素在植物組織中的一種儲藏形式，它們經水解可以產生游離吲哚乙酸。植物組織中普遍存在的吲哚乙酸氧化酶可將吲哚乙酸氧化分解。