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生物顯微鏡是一種用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等也可以觀察其他半透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精密光學儀器。用來供衛生單位、高等院校、研究院所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察。
生物顯微鏡的基本使用流程：
（1）根據觀察試樣選擇合適的放大倍數，確定配物鏡和目鏡；
（2）將試樣置于載物臺中心，標本夾固定；
（3）轉動粗準焦螺旋，使試樣觀察表面接近物鏡；
（4）反向粗準焦螺旋，使在目鏡中可以看到模糊形象；
（5）轉動細準焦螺旋，至成像清晰；
（6）調節孔徑光闌，選用合適的濾鏡片，進一步優化成像質量；
（7）調整縱橫向移動手輪，觀察試樣的目標部位；
（8）如有連接攝像頭，可通過攝像頭觀察并攝像；
（9）實驗結束后，關閉儀器，蓋上防塵罩。
生物顯微鏡的清潔步驟：
1、用清潔空氣吹掉表面浮塵。如果不能吹干凈，取兩張鏡頭紙裹在棉簽上或將鏡頭紙折疊使之比要清潔的面積稍大。
2、擦拭光學零件表面時，首先應用石油醚將毛砂面和框擦干凈。
3、擦拭圓形零件時，棉花球應從中心向邊緣作螺旋線移動，同時棉花球本身也應轉動，并順勢將棉球從鏡片表面移出，不要在鏡片邊緣停留，以免留下印跡，如果利用回轉器擦拭，則擦拭時，棉球應由中心向邊緣作直線移動，棉球本身同時轉動（棉球的自轉量應略小于一周為宜）。
4、擦拭棱鏡時，可將棉球橫放于被擦拭的表面，以直線形式進行擦拭。
5、應在相對清潔的房間內擦拭，并用脫脂長絨棉擦拭，棉球上所含的清洗液不宜過多，擦拭時應在分劃板刻線的交叉方向移動擦拭，以免將刻線內的填料層擦掉。
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