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實驗用短程分子蒸餾儀的分離就是利用液體分子受熱后從液面逸出，而不同種類分子逸出后其平均自由程不同這一性質來實現的。輕分子的平均自由程大，重分子的平均自由程小，使得輕分子落在冷凝面上，重分子因達不到冷凝面而返回原來液面，這樣混合物就得以分離。這是可以從統計學觀點來解釋，其逸出液面后不與其他分子碰撞的飛行距離是不同的。由分子蒸餾的基本原理可以看出，分子蒸餾是一種區別于常規蒸餾的非平衡狀態下的特殊蒸餾。
實驗用短程分子蒸餾儀使用時注意事項：
1.儀器初次使用時，建議采用純水或蒸餾水以防長時間使用有水垢結成分子蒸餾儀，高液位加至液位窗紅色標示線，可循環使用半年以上。若液位低于黃線冷卻效果差，再次加水是不要超過紅色標示線。
2.蒸餾瓶與冷凝瓶連接處密封良好，蒸餾瓶頂部密封塞通過軟管與電磁閥有效連通，防止漏氣。
3.實驗過程中，托盤附近禁止放其他雜物，以免影響稱重的準確性。
4.當夏季室溫高于25℃時，制冷效果會下降，建議外接制配套冷裝置或接自來水降溫冷卻。
5.當冬季室溫低于0℃時，需要做好儀器的防寒保暖工作以防止冷凝裝置發生爆裂導致無法使用。
6.若有其他需要請用時間控制模式進行。
7.對于兩次連續蒸餾實驗，為保證冷凝效果，次試驗結束后，冷水循環的開關不要關閉。
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