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有機過濾器的原理和方法是利用濾膜過濾流動相溶液中的雜質，使用真空泵加快過濾的速率。其中，起關鍵性作用的就是濾膜，濾膜分為有機和水系這兩種，濾膜種類的選擇根據過濾流動相溶液的性質而不同。水系濾膜適用于水基溶液，不耐有機溶劑，具有較高的化學和熱穩定性，流速快、耐酸堿能力強，具有高機械強度，對蛋白質吸附力較低。有機濾膜為疏水性濾膜，適用于有機溶劑及空氣過濾。耐酸耐堿，抗氧化劑。耐高溫，強度好，化學性能穩定。不僅適用于含有酸堿性的水溶液，更適用于含有有機溶劑，如醇類、烴類、脂類、酚類、酮類等有機溶劑。
有機過濾器長期用于過濾溶劑中的雜質，溶劑的質量或污染以及藻類的生長會堵塞溶過濾器，從而影響泵的運行，尤其水溶液或磷酸鹽緩沖液。為有效防止過濾器的堵塞，在使用過程中須嚴格執行溶劑過濾，避免使溶劑瓶暴露在直射陽光下，盡量使用琥珀色的溶劑瓶盛放水溶液或磷酸鹽緩沖液，存放多日的蒸餾水及磷酸鹽緩沖液不宜使用。
有機過濾器過濾頭用于液相色譜儀樣品進樣系統，一般與注射器結合使用，使用方法是在注射器攝入適量樣品溶液之后，將過濾頭安裝在注射器進口處，在注射器向儀器進樣口中注射樣品溶液時即可起到過濾的作用。
過濾頭堵塞會影響過濾速率和效果，測試過濾頭是否堵塞，可以將過濾頭從瓶蓋組件處拔下，使管線中充滿溶劑，如果過濾頭沒有堵塞，溶劑會自由滴出；如果過濾頭已經堵塞，則沒有溶劑或只有很少的溶劑滴出。過濾頭堵塞后的處理方法是將過濾頭從組件中取下，在濃硝酸（35%）中浸泡1h，然后用二次蒸餾水沖洗干凈并超聲處理。不銹鋼材料的過濾頭是可以超聲清洗，玻璃材料的過濾頭發生堵塞，不推薦超聲清洗，因為超聲很容易破壞玻璃過濾頭的過濾板，只推薦用稀硝酸（35%左右）浸泡，浸泡大約一個小時后，再用水洗凈過濾頭。
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