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“糞菌移植”(Fecal microbiota transplantation，FMT)，其定義是，將健康人糞便中的功能菌群，移植到患者胃腸道內，重建新的腸道菌群，實現腸道及腸道外疾病的治療。也被少數人稱為Fecal transplantation、Fecal bacteriotherapy和Intestinal microbiota transplantation，可分別可譯為“糞便移植”、“糞菌治療”和“腸菌移植”或“腸微生態移植”。FMT屬于菌群移植技術中的一種。
目前已有關于糞菌移植治療多種疾病的臨床觀察研究，例如難辨梭狀芽孢桿菌感染、炎癥性腸病、肝性腦病、慢性乙肝、慢性便秘、慢性腹瀉、糖尿病、脂肪肝、自閉癥等。 其中，糞菌移植治療難辨梭狀芽孢桿菌感染已經被寫入臨床指南，療效得到充分肯定。糞菌移植對炎癥性腸病、肝性腦病的療效也得到肯定。
FMT 的狀態可分為發酵、新鮮和凍存 3 種形式，糞菌給入途徑分為上消化道、中消化道、下消化道 3 種途徑。之前的糞菌移植流程是將糞菌提取液通過鼻胃管、內鏡腸道移植術或結直腸鏡的方式移植給受體，這些方式不僅過程繁瑣還具有有創性，患者依從性及耐受性不高。另一種的糞菌定植方式為FMT糞便膠囊，在某種程度上避免了上述傳統方式的缺點。
FMT糞便膠囊，即通過標準化的糞便采樣后，將供體的大便標本冷凍干燥，并研制成粉末，膠囊封裝，以供患者口服，這種方法能保持糞便菌群的細菌活性和多樣性，具有無創、安全、方便、快捷的優點。
冷凍干燥在低溫下進行，因此對于菌群這類熱敏性的物質特別適用。在冷凍干燥過程中，菌群的惡性變異，染菌等無法進行，因此能保持菌群原來的性狀。冷凍干燥后的菌群凍干粉疏松多孔，呈海綿狀，溶解迅速，幾乎立即恢復原來的性狀。冷凍干燥在真空下進行，氧氣極少，菌群活性能夠得到充分保護。冷凍干燥能排除95-99%以上的水份，干燥后的菌群產品能長期保存而不致失活、變質。
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