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倒置顯微鏡是一種結構型態，相差顯微鏡是一種功能劃分，兩者無法直接對比。
倒置顯微鏡配備相差環板來實現相差
倒置生物顯微鏡通常屬于相差顯微鏡。倒置顯微鏡的透射光源在載物臺上，物鏡在載物臺下，故稱“倒置顯微鏡”。倒置生物顯微鏡的透射光源和物鏡都是長工作距離設計，通常會配備推拉式相差環板和相差物鏡，可實現相差觀察功能，以便觀察接近透明的未染色細胞等樣品。
正置顯微鏡也可以實現相襯觀察，只是相對少見。簡易的正置相襯使用類似倒置的推拉式相差環板，搭配帶插槽的聚光鏡，由于尺寸更小，精密度要求更高，而且可能還會有漏光等問題，更可靠的設計是轉盤式切換的聚光鏡，這是很多正置顯微鏡實現相襯切換的思路。
相差可以觀察透明細胞樣本
相差顯微鏡指能進行相差觀察的顯微鏡，相差觀察又稱相襯觀察、澤尼克相襯法觀察，是一種利用相位差物理原理提升透明樣品對比度的技術，主要用于未染色的細胞等樣品，這些樣品在明場下幾乎是透明的，難以看清，而染色則會影響其活性因而不適用，通過相差觀察，樣品物質和厚度的差異將會轉化成對比度，從而揭示明場觀察無法看清的細節。
相差不適合看厚的和楔形的樣品，升級DIC解決
相差觀察的優點很明顯，它可以不用染色就看清培養皿中的細胞和水中的微生物等樣品，十分方便且實現成本低，局限在于不適合厚度大的樣品，以及楔型結構的樣品，這些樣品可能需要用DIC微分干涉相襯或者HMC霍夫曼調制相襯來進行觀察，前者具有非常好的立體感和的細節表現能力，但成本高，后者雖然會有色差問題，但能以顯著更低的成本實現類似DIC的強立體感，適合批量部署，因此在IVF輔助生殖等領域會有應用。
除常規相差，還有特殊的負相差
相襯觀察還有正負和對比度高低之分，常見的相襯是正相襯，背景是亮色的，樣品被高亮光環包圍。而負相襯背景呈暗色，類似暗場，樣品主體會呈高亮。負相差物鏡有高對比（NH）和中對比度（NM）區別，會標記在物鏡上。
無限遠倒置熒光顯微鏡合成圖像
最后還有一點需要補充的是，固定筒長顯微鏡和無限遠光學顯微鏡在相襯使用上的一個區別。在切換相襯和熒光觀察方式時，需要把光學元件移入和移出光路，對于固定筒長顯微鏡來說，額外的光學元件移入后，需要做補償以滿足固定筒長需要，作為結果，不同觀察方式會有一定的成像倍率差異，視野不是一致的。
無限遠光學顯微鏡可以做到相襯成像視野和熒光成像視野一致，因此可以拍攝合成出有輪廓感/立體感的細胞熒光圖像。一般這需要先用平場消色差相襯物鏡拍攝相襯，然后切換到半復消色差物鏡拍攝熒光，以免損失熒光亮度，為了方便用戶進行這種拍攝，明美還推出了半復消色差相襯物鏡，可以一個物鏡把相襯和熒光都拍好。
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