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日立掃描電鏡的特點是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45度，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。
使用日立掃描電鏡采用入射光觀察的標本，它的準備工作十分簡單，只是清潔標本的表面并切割為適當大小的小塊。而用透射光觀察的標本，必須具有由于光吸收的差異而產生的一定反差，才能在日立掃描電鏡下被觀察到。為此，標本必須經過一系列復雜的處理和制備過程，這種制備技術就是我們一般所說的生物顯微技術。
無論是透明的材料或不透明材料、甚至熒光材料都可以分析出較為理想的效果。在較低放大率下，移動采樣階段可以找到待分析的樣本、放大的和聚焦的樣本。較簡單的方法是找出邊界明顯的特征點，使用對比度、亮度、放大率和焦距來制作圖像，然后在樣本的基礎上尋找或選擇感興趣的分析站點。
日立掃描電鏡的調焦結構分為微動調焦和粗動調焦兩部分：
1、微動調焦結構
微動機構有齒輪式，杠桿式，行星輪式等結構形式，中以齒輪式粗、微動同軸結構使用得普通。
2、粗動調焦結構
粗動調焦機構一般采用齒輪與齒條的嚙合運動形式，選用組織穩定而耐磨性較強的合金材料，并經過精密加工而成。
當轉動粗動手掄時，全相試樣表面對光學系統發生相對運動，被調系統作準確的直線運動。移動時效尾與燕尾榴配合平穩，沒合松動或過緊的現象。而齒輪與齒條的齒合精度由調整齒條與齒輪的中心距保證。
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