由木瓜的未成熟果實，經提取乳液、凝固、沉降、干燥而成粗制品。一般工業上以粗制品的應用為主。木瓜蛋白酶韻生產方法有三種，分別是直接熱風烘干法、噴霧干燥法及膜分離凍干法。

直接烘干

生產方法較簡單、快速，但生產出來的成品只是粗酶，雜質多、色澤差且微生物超標，酶活力也較低，只有60萬～80萬單位/g。多為個體工廠采用，已不能滿足國內食品質量衛生安全等。

噴霧干燥

此法是先通過離心去除部分雜質后再進行噴霧干燥，所生產出的成品酶活力相對高，達到100萬單位/g左右，雜質相對也較少，色澤相對也較白。但產品噴霧時容易粘壁，酶活損失較大，水溶性相對也較差，而且酶活穩定性也較差。

膜分離法

該生產方法不但避免了以上兩種方法的缺點，且生產過程衛生安全，收率也高，所生產的成品酶活損失小，酶活力一般可達到280萬～350萬單位/g，最高可達400萬單位/g，且酶活穩定性好，純度高，色澤潔白，細菌數低，嚴格操作可達到醫藥級別。

其提取工藝條件為超聲波功率300W，超聲處理時間200s，果漿質量分數30%；經超聲波強化提取，酶活力提高到原先的1.71倍；該酶在40℃以下，pH為5.4～6.0時酶活力相對穩定；EDTA、Cys和Vitamin C對酶活力具有激活作用，CuS04和ZnCl2具有抑制作用，而KCl、NaCI、CaCl2、MgS04對酶活力的影響不大。

木瓜蛋白酶的分離純化工藝：采用初步采集處理，20%、40%硫酸銨分級沉淀、SP-sephadexC50柱色譜、羥基磷灰石柱色譜，從番木瓜乳汁中分離純化木瓜蛋白酶。可獲得比活為1184U/mg的純酶，活力回收率為55.79%，純度達到99.31%，為高純度的木瓜蛋白酶。