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高溫蒸汽滅菌器是高溫蒸汽處理技術的核心設備，由滅菌器主體、滅菌器密封門、控制閥門、控制面板、保溫夾套以及與其配套的測控部件等組成，其功能主要是在抽真空和持續高溫的操作條件下殺滅醫療垃圾中的細菌。
醫療垃圾的危害主要表現為感染致病性，基于這點，在滅菌器內，將醫療垃圾暴露于一定溫度的水蒸汽氛圍中并停留一定的時間，在這期間利用水蒸汽釋放出的潛熱，可使醫療垃圾中的致病微生物發生蛋白質變性和凝固，致使致病微生物死亡，從而使醫療垃圾無害化，達到安全處置的目的。
高溫蒸汽滅菌器的運行主要由以下幾個工藝構成：脈動真空階段、蒸汽滅菌階段、干燥階段，整個工藝過程由控制面板內的PLC 控制完成：
1、脈動真空階段
脈動真空過程包括3 次抽真空過程，先抽真空至負壓，排除滅菌器內的空氣，然后打開蒸汽入口閥，送入飽和蒸汽使滅菌室內壓力上升至0.32 MPa，而后再抽氣至負壓狀態，如此反復抽送3 次使設備達到要求的負壓值，使內腔中98 %以上的空氣排出，以保證高壓蒸汽更容易滲透至物料內部，使得物料與蒸汽更加充分的接觸，最終保證滅菌的效果。
2、高溫蒸汽滅菌階段
待滅菌室內到達規定負壓值，通入飽和蒸汽，使得溫度升至134 ℃，進入滅菌階段，該過程主要是溫度調節過程。當溫度低于134 ℃時，繼續充蒸汽，當溫度高于134 ℃時，停止充蒸汽。要求在134 ℃的溫度，維持45 分鐘。
3、干燥階段
高溫蒸汽滅菌器內，在134 ℃的溫度，維持45 分鐘以上的時間后，可以通過強力抽真空，除去汽滅菌器內的蒸汽和冷凝水，充入空氣，完成干燥。干燥階段完成后，打開滅菌器門，將滅菌內車拖出，完成一次蒸汽滅菌過程。
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