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與普通PCR模式相比，實時熒光PCR具備幾個方面的優勢：
1、由于實時熒光PCR采用封閉的檢測模式，因此擴增產物導致污染的可能性比普通PCR要小得多。
2、由于擴增產物的檢測在PCR擴增過程中同時進行，并且數據的采集、分析全部由儀器自動完成，因此整個檢測所需的時間比普通PCR要節省許多。
3、實時熒光PCR檢測模式功能強大，具備定性、定量、突變、多項目等檢測功能。而普通PCR要完成上述項目需采用不同的技術平臺。
4、實時熒光PCR進行定量檢測時，其定量線性范圍（5-6 logs）比普通PCR（2-3 logs）要寬得多。
隨著反應試劑、儀器和操作的不斷發展和完善，以實時熒光PCR技術為核心的檢測試劑盒紛紛問世，逐步趨向于靈敏特異、快速精確和自動化。
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