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由于連續生產的需要，氣相色譜通常操作24小時，因此很難有機會清潔和維護儀器。一旦有合適的機會，就需要根據通用型氣相色譜儀操作的實際情況，盡可能地清潔和維護儀器的關鍵部件。
通用型氣相色譜儀通常用于有機物的定量分析。儀器運行一段時間后，由于靜電，儀器內部容易吸收更多灰塵；除了灰塵積聚外，電路板和電路板插座經常會吸附一些有機蒸汽；由于一些有機物的冰點較低，注入口經常會發現凝固的有機物，使用一段時間后，引水管道內徑變薄，甚至被有機物堵塞；在使用過程中，TCD檢測器很可能被有機物質污染；FID檢測器長期用于有機物分析，在噴嘴或收集器位置處的有機物沉積物或在噴嘴或收集部分處的碳沉積物經常發生。
1、氣相色譜儀電路板的維護和清潔
在氣相色譜儀準備好進行維護之前，切斷儀器電源。首先，使用儀表空氣或氮氣吹掃電路板和電路板插槽。吹掃時，使用軟刷仔細清潔電路板和插槽的灰塵部分。在操作過程中盡可能戴手套，以防止靜電或手上的汗漬影響電路板上的某些組件。吹掃后，仔細觀察電路板的使用情況，看印刷電路板或電子元件是否明顯腐蝕。電路板上被有機物污染的電子元件和印刷電路應小心地用浸有酒精的吸水棉擦拭，電路板的接口和插槽也應擦拭。
2、氣相色譜儀內部吹掃和清洗
通用型氣相色譜儀關閉后，打開儀器的側面板和后面板，用儀器空氣或氮氣吹掃儀器內部的灰塵，并使用軟刷處理灰塵較多或不易吹掃的地方。吹掃后，在儀器內部有有機物污染的地方，用水或有機溶劑擦洗。首先用水擦拭水溶性有機物，無法清潔的地方用有機溶劑處理。清潔非水溶性有機物或可能與水發生反應的有機物與非反應性有機溶劑，如甲苯、丙酮、四氯化碳等。注意，在擦拭儀器的過程中，儀器表面或其他部件不會受到腐蝕或二次污染。
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