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主動脈內皮細胞（aortic endothelial cells）組成了主動脈內壁，并持續受到血流剪切應力的影響。內皮細胞在切應力的作用下，分泌不同的內皮因子并進而影響血管收縮和生長。
主動脈內皮細胞也調節細胞黏附分子的表達來控制和精確調節炎癥反應和組織纖維化。體外培養的原代主動脈內皮細胞可有效地幫助研究者研究內皮功能失調的機理，動脈粥樣化等疾病的發病機理以及發展新的治療方法。
小鼠原代主動脈內皮細胞分離自主動脈組織；主動脈是體循環動脈的主干。由左心室發出，起始部有主動脈瓣，可依次分為升主動脈，主動脈弓和降主動脈。降主動脈又分為胸主動脈和腹主動脈。接受左心室搏出的血液，并發出各級分支將血液運輸到全身各組織、器官。當主動脈病變(如主動脈瘤、主動脈瓣狹窄、主動脈破裂等)時可影響全身血液的供應。表現出相應的癥狀和體征，乃至猝死。
小鼠原代主動脈內皮細胞是覆蓋在主動脈內面的單層細胞，可分泌一系列血管活性物質而保持血管穩態，當其受到炎癥或其它因素刺激后穩態被破壞而導致一些心血管疾病的發生。因此，主動脈內皮細胞已成為研究心血管疾病發病機制及治療藥物不可少的工具。內皮細胞或血管內皮是一薄層的專門上皮細胞，由一層扁平細胞所組成。它形成血管的內壁，是血管管腔內血液及其他血管壁（單層鱗狀上皮）的接口。內皮細胞是沿著整個循環系統，由心臟直至最小的微血管。
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