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離子色譜柱根據分離原理的不同，主要可以分為離子交換柱和離子排斥柱。離子交換的分離原理是利用離子在色譜柱固定相和流動相中的保留強度不同而完成分離的。
離子本身的性質會對保留時間有影響。離子的價態越高，半徑越大，極化程度越大，其保留時間也就越長。常見的出峰順序是：F-，Cl-，NO2-，Br-，NO3-，PO43-，SO42- 。
離子色譜柱常見的問題如下：
1.柱壓升高，檢查流路沒有阻塞的前提下，更換色譜柱過濾網板，一般情況下更換保護柱進口端的網板。
2.分離度降低，可以是由于色譜柱的柱效降低或選擇改變所引起的，可以通過適合的清洗對離子色譜柱進行清洗，或者改變離子色譜的流動相來改善分離。
3.死體積增大，由于分離柱入口樹脂壓力使樹脂造成空隙或者樹脂壓碎而成，使離子色譜分離度下降、分叉等，這時可以填充相同類型的樹脂和惰球樹脂球以減少死體積。
而對于受污染的離子色譜柱，一般要進行清洗，清洗前一定要將色譜柱與抑制器斷開，保護柱和分離柱分開清洗，或者將保護柱接在分離柱之后進行清洗。
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