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生物顯微鏡現在被廣泛地應用到很多的地方，因為它的成像效果清晰，利用了先進的光學原理和成像原理，受到越來越多的人的喜愛，更成為醫學專業人士的推崇。在使用時，應根據鏡檢的目的和實際情況來協調參數間的關系，但應以保證分辨率為準。
生物顯微鏡的使用規程：
(一)實驗時要把生物顯微鏡放在座前桌面上稍偏左的位置，鏡座應距桌沿6～7 cm左右。
(二)打開光源開關，調節光強到合適大小。
(三)轉動物鏡轉換器，使低倍鏡頭正對載物臺上的通光孔。先把鏡頭調節至距載物臺1～2cm左右處，然后用左眼注視目鏡內，接著調節聚光器的高度，把孔徑光闌調至較大，使光線通過聚光器入射到鏡筒內，這時視野內呈明亮的狀態。
(四)將所要觀察的玻片放在載物臺上，使玻片中被觀察的部分位于通光孔的正中央，然后用標本夾夾好載玻片。
(五)先用低倍鏡觀察(物鏡10X、目鏡10x)。觀察之前，先轉動粗動調焦手輪，使載物臺上升，物鏡逐漸接近玻片。需要注意，不能使物鏡觸及玻片，以防鏡頭將玻片壓碎。然后，左眼注視目鏡內，同時右眼不要閉合(要養成睜開雙眼用顯微鏡進行觀察的習慣，以便在觀察的同時能用右眼看著繪圖)，并轉動粗動調焦手輪，使載物臺慢慢下降，不久即可看到玻片中材料的放大物像。
(六)如果在視野內看到的物像不符合實驗要求(物像偏離視野)，可慢慢調節載物臺移動手柄。調節時應注意玻片移動的方向與視野中看到的物像移動的方向正好相反。如果物像不甚清晰，可以調節微動調焦手輪，直至物像清晰為止。
(七)如果進一步使用高倍物鏡觀察，應在轉換高倍物鏡之前，把物像中需要放大觀察的部分移至視野中央(將低倍物鏡轉換成高倍物鏡觀察時，視野中的物像范圍縮小了很多)。一般具有正常功能的顯微鏡，低倍物鏡和高倍物鏡基本齊焦，在用低倍物鏡觀察清晰時，換高倍物鏡應可以見到物像，但物像不一定很清晰，可以轉動微動調焦手輪進行調節。
(八)在轉換高倍物鏡并且看清物像之后，可以根據需要調節孔徑光闌的大小或聚光器的高低，使光線符合要求(一般將低倍物鏡換成高倍物鏡觀察時，視野要稍變暗一些，所以需要調節光線強弱)。
(九)觀察完畢，應先將物鏡鏡頭從通光孔處移開，然后將孔徑光闌調至較大，再將載物臺緩緩落下，并檢查零件有無損傷(特別要注意檢查物鏡是否沾水沾油，如沾了水或油要用鏡頭紙擦凈)，檢查處理完畢后即可裝箱。
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