革蘭氏染色方法基于某些細菌細胞壁中肽聚糖之間的反應。

革蘭氏染色包括給：細菌染色，用染劑固定顏色，使細胞脫色，并進行復染。
①結晶紫與肽聚糖結合，將細胞染成紫色。

革蘭氏陽性細胞和革蘭氏陰性細胞的細胞壁中都含有肽聚糖，

所以最初，所有細菌都會染成紫色。
②碘和碘化鉀用作染色劑或固定劑。

革蘭氏陽性細胞形成結晶紫碘復合物。
③用酒精或丙酮使細胞脫色。

革蘭氏陰性細菌的細胞壁中的肽聚糖要少得多，因此這一步驟基本上使其無色，

而革蘭氏陽性細胞中只有一些顏色被去除，這些細胞含有更多的肽聚糖（細胞壁的60-90%）。

革蘭氏陽性細胞的厚細胞壁在脫色步驟中脫水，導致細胞收縮，并將染色碘復合物滯留在細胞內。
4. 脫色步驟后，應用復染（通常是藏紅，但有時是紫紅色）將細菌染成粉紅色。

革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌都會染上粉紅色的污漬，但在革蘭氏陽菌的深紫色上看不到。

如果正確執行染色程序，革蘭氏陽性菌將為紫色，而革蘭氏陰性菌將為粉紅色。