非編碼RNA的發現使得RNA領域再次成為了生命科學研究關注的焦點。因為RNA是一種不穩定的生物大分子，絕大多數的RNA都需要與特定的RNA結合蛋白質結合形成RNA/蛋白復合物才能穩定存在于細胞中；不僅如此，RNA與RNA結合蛋白之間的動態關聯貫穿和伴隨了RNA的轉錄合成、加工和修飾、胞內運輸和定位、功能發揮及降解的整個生命循環。鑒于此，利用RNA結合蛋白分離或發現鑒定功能性RNA分子是RNA研究領域中一個不能缺少的研究方法。簡單地說，就是利用RNA結合蛋白的抗體免疫沉淀RNA/蛋白復合物，再從沉淀的RNA/蛋白復合物中分離得到特定RNA結合蛋白的RNA;分離得到的RNA可以通過末端標記和變性膠電泳對RNA分子的大小進行鑒定，也可以利用高通量RNA測序方法對RNA序列進行分析。
①全部所用的溶液試劑均經過DEPC處理或由DEPC水配制。
②RNA抽提過種中乙醇漂洗步驟可以省略。
③RNA樣品溶解與保存:TE（pH8.0）緩沖液。80℃（如果下一步操作涉及酶反應）100%de-ionicFormamide（如果下一步是電泳檢測）
④熟練的RNA操作非常重要。RNase的污染可通過使用RNAZap處理操作環境得到降低。