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液相色譜柱是在高純硅膠基質上鍵合更具通用性的C18官能團的色譜柱，專研的封尾技術使得色譜柱對離子化的化合物幾乎無吸附。
一、色譜柱的選擇
在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱
2. 如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否 則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）
3. 若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如極性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留
液相色譜儀基質的選擇大致遵循以下法則，硅膠基質的填料被用于大部分的HPLC分析，尤其是小分子量的被分析物，聚合物填料用于大分子量的被分析物質，主要用來制成分子排阻和離子交換柱。
色譜柱在使用前，最好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是最佳條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
二、色譜柱的維護
1.色譜柱的平衡
反相色譜柱由工廠測試后是保存在乙腈/水中的。新柱應先使用10-20倍柱體積的甲醇或乙腈沖洗色譜柱。請一定確保您分析樣品所使用的流動相和乙腈/水互溶。每天用足夠的時間以流動相來平衡色譜柱，您就會在處理問題方面獲得最大的"補償"，
2.色譜柱的再生
長期使用的色譜柱，往往柱效會下降(柱子的理論塔板數減低)。可以對色譜柱進行再生，在有條件的實驗室應使用一個廉價的泵進行柱子的再生。
建議用來沖洗柱子的溶劑體積
3.色譜柱的維護
a.使用預柱保護分析柱(硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度)
b.大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2-7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍
c.避免流動相組成及極性的劇烈變化
d.流動相使用前必須經脫氣和過濾處理
e.如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中
f.氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。
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