在正式進行潛水作業前，可派經驗豐富的潛水員對作業區域進行水下環境初查，事先了解作業區域的情況，查清有無可能造成潛水作業不安全的障礙和隱患，查清水質能見度，確定潛水員出入水路線。進入施工區域內，做好一切施工準備。水下施工前，測量水下施工部位的流速，流速低于0. 5m/s時，潛水員可正常下水，在保證安全的前提下進行作業。

先對閘門槽淤泥、海生物以外的建筑垃圾等雜物進行人工清理，潛水員將雜物清理至吊籠或編織袋內，若存在超大型木頭、混凝土塊等，可直接用鋼絲繩將物體捆綁，再由業主起重設備配合提出水面卸載，運至業主位置棄渣。

起吊雜物時，水下及陸上相關人員須遠離雜物下方，以保證作業安全。然后，潛水員用鐵鏟等工具對門槽表面附著海生物及浮泥進行清理，或者用水泵直接對海生物進行沖洗，清理掉的雜物人工收集到一起，裝至籠或編織袋內，再由起重設備拉出水面卸載。