為了給予試劑一個安全潔凈的儲存環境，自凈式儲藥柜中需要有循環氣流的存在。氣流的形式可能是室內空氣與柜內氣體之間的循環，也有可能是柜內的循環。這兩種循環方式的氣流也相應地被稱作外循環氣流和內循環氣流。共同點是兩種循環氣流都需要通過過濾系統，以去除氣流中的污染成分。

外循環氣流（用于自凈式常溫儲藥柜）

1. 在外循環氣流設計中，室內空氣穿過下部統一入口處的初效預過濾器后，進入儲藥柜。預過濾器將較大的顆粒物去除，防止室內氣體的交叉污染。

2. 室內氣體進入柜體后，依次通過每一層儲存區，與揮發化學氣體和氣溶性顆粒物混合后，進入頂部的多級過濾系統。

3. 排出氣體首先穿過初效預過濾器，把氣流中較大的顆粒物過濾掉。

4. 然后通過高效過濾器，去除較小的有害氣溶性顆粒物

5. 氣流隨后通過活性炭過濾器，將全部化學氣體吸附下來，以防這些成份進入實驗室產生難聞的氣體和帶來潛在的健康隱患。

內循環氣流

（用于自凈式冷藏儲藥柜）

1. 柜內循環氣流全部通過初效預過濾器和活性炭過濾器，去除污染成分后被抽送到頭部冷卻室。

2. 在冷卻室，循環氣流通過與制冷系統的熱交換降低溫度，降溫后的氣流進入柜內儲存區。

3. 在柜內儲存區，低溫氣流使儲存試劑降溫，同時把污染成分帶離儲存區

4. 循環氣流被重新收集到頂部過濾區，進入下一個循環，直到循環氣流穩定在設定的溫度范圍內

5. 在氣流循環過程中，保證溫度穩定的情況下，氣流不斷得到凈化。