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多肽合成儀用于合成各種蛋白質與多肽，進行蛋白質結構、功能以及體外相互作用、免疫學等方面的研究。下面舉例說明多肽合成儀的應用。
一、合成漢坦病毒核衣殼蛋白抗原多肽片段
利用多肽合成儀合成漢坦病毒核衣殼蛋白（aal7～66）50個氨基酸殘基的核心序列，以此為抗原，建立了新型的特異性檢測抗漢坦病毒IgG和IgM的酶聯免疫方法。該方法特異性強，靈敏度高，簡便易行，適合基層醫療單位進行診斷。
二、用于多肽類藥物的研制
新的活性肽不斷發現對揭開生命奧秘如細胞分化、免疫防御、腫瘤、衰老、生殖、分子進化等以及激素功能有了更深層次的認識。利用多肽合成儀可以快速獲取活性佳的多肽，加速多肽藥物開發。
此外，多肽合成儀為組合化學方法的建立奠定了基礎，可用于合成肽組合庫的合成，為組合化學的發展做出了重大貢獻。
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