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層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。凝膠過濾層析是利用一定大小孔隙的具有網狀結構的凝膠作層析介質(如葡聚糖凝膠、瓊脂 糖凝膠、聚丙烯酰胺凝膠等)，根據被分離物質的分子大小、形狀不同擴散到凝膠孔隙內的速度不同，因而通過層析柱的快慢不同而分離的一種層析法。下面來介紹一下層析柱的使用方法。
1.填裝之前，檢查層析柱各接頭、部件不能有破損漏氣，并將層析柱清洗干凈，壁上不要有殘留小顆粒，會影響層析效果。
2.確保填料、層析柱、所有的緩沖液以及樣品溫度一致，溫度不一致容易導致產生氣泡。
3.所有過柱子的液體（包括水、平衡緩沖液、洗脫緩沖液、再生溶液）用0.45um濾膜抽濾，并進行超聲脫氣，注意填料不可超聲脫氣。
4.將填料用純水清洗幾遍，洗掉保存液，并將上層的細小顆粒棄去。
5.關閉層析柱出水口，玻璃棒引流往層析柱內倒入約1/4柱體積的水（或緩沖液），務必使底端無氣泡。
6.將填料用玻璃棒攪勻成懸漿，用玻璃棒引流，均勻的一次性倒入柱子內，注意務必不要產生氣泡，待柱子內填料穩定，打開出液管，使凝膠在柱內自由沉降。
7.如果是手動操作，將柱子用純水沖幾個柱體積，使柱床穩定。
如果儀器操作，用逐漸加大流速的方法，將填料壓實，注意：既不能過松，也不能過緊，要注意不能超過填料的耐壓。
8.上樣前，樣品要進行離心或者用0.45um濾膜過濾。
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