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翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號(hào)全自動(dòng)化轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)
翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號(hào)全自動(dòng)化轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)
自動(dòng)化建庫(kù)
當(dāng)前，高通量測(cè)序已成為生命科學(xué)領(lǐng)域最有力的工具，極大促進(jìn)了腫瘤、遺傳病和病原等領(lǐng)域的發(fā)展。高通量測(cè)序中的建庫(kù)操作仍存在流程繁瑣、人力資源依賴程度高、自動(dòng)化程度低等問(wèn)題，限制了其在臨床轉(zhuǎn)化上的應(yīng)用。為促進(jìn)生產(chǎn)轉(zhuǎn)型和臨床應(yīng)用，高效穩(wěn)定的自動(dòng)化建庫(kù)方案是必由之路。
圖1. 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序流程（網(wǎng)圖，侵刪）
圖2.中華家系1號(hào)全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)
※測(cè)試樣本：中華家系1號(hào)RNA標(biāo)準(zhǔn)品（Quartet RNA）D5、 D6 、F7、 M8，且三次平行重復(fù)；
※建庫(kù)試劑盒：Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit（Cat#12309ES）；
※自動(dòng)化平臺(tái)：MGISP-960自動(dòng)化平臺(tái)；
※測(cè)序平臺(tái)：DNBSEQ-G99。
圖3.mRNA 建庫(kù)試劑盒流程原理圖
MGISP-960自動(dòng)化建庫(kù)與手動(dòng)建庫(kù)文庫(kù)濃度
4個(gè)中華家系一號(hào)RNA標(biāo)準(zhǔn)品D5、D6、F7、M8樣本，每個(gè)樣本3次重復(fù)，同時(shí)采用MGISP-960自動(dòng)化平臺(tái)建庫(kù)和手動(dòng)建庫(kù)，自動(dòng)化建庫(kù)與手動(dòng)建庫(kù)均具備高度均一的文庫(kù)產(chǎn)量。
圖4.自動(dòng)化建庫(kù)與手動(dòng)建庫(kù)文庫(kù)濃度對(duì)比
MGISP-960自動(dòng)化建庫(kù)RNA-seq數(shù)據(jù)與中華家系一號(hào)的參考數(shù)據(jù)集對(duì)比
數(shù)據(jù)質(zhì)量綜合評(píng)分
12309ES測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)比到中華家系一號(hào)的參考數(shù)據(jù)集，以分值來(lái)代表SNR和RC的綜合水平。
Great！12309ES的數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)分高達(dá)9.733
數(shù)據(jù)評(píng)價(jià)結(jié)果
基因counts、表達(dá)譜數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)價(jià)結(jié)果：每組樣本包含 3 個(gè)技術(shù)重復(fù)，SNR為31.1，基因表達(dá)量結(jié)果在技術(shù)重復(fù)之間具有非常好的可重復(fù)性。
圖5.樣本表達(dá)譜數(shù)據(jù) PCA 分析結(jié)果
圖6.基因表達(dá)差異倍數(shù)與參考數(shù)據(jù)集一致性分析結(jié)果
MGISP-960自動(dòng)化建庫(kù)RNA-seq數(shù)據(jù)的post alignment分析
表1：post alignment分析的基本QC指標(biāo)
圖7.rRNA殘留的占比
產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品貨號(hào) | 產(chǎn)品應(yīng)用 |
Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit | 12309ES | mRNA建庫(kù) |
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version) | 12310ES | total RNA建庫(kù) |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2 | 12195ES | 酶切法建庫(kù) |
Hieff NGS® DNA Library Prep Kit | 13577ES | 機(jī)械法建庫(kù) |
Hieff NGS® DNA selection Beads（Superior Ampure XP alternative） | 12601ES | DNA純化磁珠 |
1×dsDNA HSAssay Kit | 12642ES | 雙鏈DNA（dsDNA）定量 |
翌圣生物攜手華大智造聯(lián)合推出翌圣-MGI聯(lián)合品牌MGISP-960高通量自動(dòng)化樣本制備系統(tǒng)。
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