常用的檢測方法為使用特異性抗體，通過熒光灶試驗(FFA)、空斑試驗或細胞培養半數感染量(CCID50)等來實現，但是這些方法均涉及特異性抗體制備困難、操作復雜且要求高、耗時長、主觀性大、通量小等不足，不利于多價疫苗產品的精準配制和生產全過程的質量控制。空斑試驗被認為是測定病毒感染性的金標準，但它耗時、勞力密集，且需要每種病毒的適宜細胞系和空斑形成。

相比之下，qPCR是一種簡單的、高通量的測定純化病毒樣本中病毒顆粒數的方法。基于核酸的定量檢測方法具有試劑材料可及性強、可操作性強、一致性高、耗時短、通量大、結果更加客觀等優點，已經成功應用于甲型肝炎、腮腺炎病毒疫苗、AAV基因治療藥物等。

如MSD RotaTeq（口服輪狀病毒疫苗）使用的就是基于細胞感染的核酸定量檢測方法（qPCR法），但由于疫苗毒株不同，基因序列不同，細胞感染特點也不同，該方法需要針對不同疫苗毒株進行不同設計。

AAV（腺相關病毒）基因治療藥物因其“一次給藥，終身治愈”的特點，發展勢頭的強勁自不必多說，因此AAV藥物的質量控制（鑒別，純度，含量與效價）至關重要。由于其生物學滴度的測定仍很繁瑣，不同實驗室使用各自的方法和參照，這些都會影響rAAV在臨床上的應用，因此qPCR法因其優勢在AAV檢測中應用更為廣泛。