異硫氰酸熒光素是流式細胞術和免疫熒光中常用的有機熒光染料/探針之一。它的特點是最大/峰值吸光度為 495nm，發射波長為 520nm，熒光素與熒光素之間的相互作用導致能量轉移和濃縮時的自猝滅。
異硫氰酸熒光素染料標記分子應用：
①電泳分離后的蛋白質檢測
②蛋白質和肽的微測序分析
③使用毛細管區帶電泳進行分子分析
④生物相互作用中的分子跟蹤和檢測
⑤細胞和組織切片中的抗原檢測
⑥通過標記 DNA 片段進行細胞凋亡檢測
除了因其在水中的溶解性而易于用于偶聯物制備外，異硫氰酸熒光素還具有明亮的熒光由于偶聯后的大消光系數和高量子產率，使其成為許多工藝的優選染料。
在流式細胞術和免疫熒光顯微術中，染料與各種抗體（一抗或二抗）結合，以檢查和研究IL-17免疫缺陷和CD63在腎功能中的作用等狀態。
作為熒光素的衍生物，異硫氰酸熒光素含有一個異硫氰酸酯反應基團，這有助于其對通常存在于生物分子中的動漫和巰基基團具有反應性。