化合物的熒光可以通過多種過程猝滅（即減少或完*消除），而不會破壞熒光團。熒光猝滅效應導致熒光強度降低。一旦猝滅劑被移除或猝滅機制被“關閉”，原始的熒光強度就會重新出現。

猝滅效應導致熒光分子的電子激發態在沒有輻射的情況下返回基態，或者阻止實際激發到熒光態。

在實踐中，熒光猝滅在許多應用中得到利用，因為它是一種易于觀察或測量的現象。因此，它是分子水平上發生的過程的指標。例如，分析物的存在或不存在會導致熒光團和猝滅劑之間的距離發生變化，從而導致熒光發生變化。除了熒光強度之外，壽命有時也可以用來衡量這種變化。

分子信標
包括所謂的“genepin”、“hairpin”或“分子信標”技術。例如，在這些“智能探針”中，熒光染料和熒光猝滅劑位于單鏈 DNA 的相對兩端。由于末端片段上有幾個互補堿基，雜交發生在那里，即產生了部分 DNA 雙鏈。DNA 的中間片段因此形成一個環：所得結構類似于發夾。標記物的熒光現在被猝滅劑的空間接近性猝滅，例如通過 FRET 機制。如果現在將與第一條鏈的堿基序列互補的DNA鏈添加到溶液中，則由于所有堿基更強的相互作用，這兩條鏈會雜交。染料和猝滅劑在空間上分離，導致熒光重新出現。您可以利用這一原理設計許多不同類型的實驗并得出有關分子過程的結論。
除了使用染料-猝滅劑對之外，還可以使用兩種熒光染料，其熒光行為如福斯特共振能量轉移中所述。