聚合酶鏈反應(PCR)技術是在體外進行的由引物介導的酶促DNA擴增反應。PCR反應的關鍵環節：①模板核酸的制備；②引物的質量與特異性；③酶的質量；④PCR條件。尋找原因亦應針對上述環節進行分析檢測。

1、 模板

a．模板質量不佳，含有雜蛋白質，特別是染色體中的組蛋白；模板核酸變性不夠；提取制備模板時丟失過多，或吸入酚。建議選擇質量可靠的提取試劑，重新提取高純度基因組模板；若模板為cDNA，需要檢查逆轉錄反應及其所用RNA的純度及完整度。

b．模板中含有尿嘧啶抑制高保真酶的活性，或含有Taq酶抑制劑。

c．模板濃度過高，或含有一些buffer，抑制PCR擴增，如cDNA模板，建議稀釋后再使用。

d．靶序列變異。如靶序列發生突變或缺失，影響引物與模板特異性結合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，導致PCR不能有效擴增。

2、引物：引物的設計、引物質量是PCR擴增成敗的關鍵。

a．引物設計不合理，如引物長度不夠、引物之間形成二聚體等，需要重新設計引物。

b．合成高質量、高純度級別的引物。

c．引物應高濃度小量分裝保存，防止多次凍融或長期4℃保存，導致引物降解失效。

3、  酶的質量：

a．酶失活，建議更換新酶，或新舊兩種酶同時使用，以分析是否因酶的活性喪失或活性降低而導致沒有產物。

b．酶擴增效率低，建議更換擴增效率高的酶。

4、 PCR條件:

a．PCR擴增條件：變性對PCR擴增相當重要，如變性溫度低、變性時間短都有可能出現擴增無產物；退火溫度過低，可導致非特異性擴增而降低特異性擴增效率；退火溫度過高影響引物與模板的結合而降低PCR擴增效率。

b．Mg2+濃度：Mg2+濃度對PCR擴增效率影響很大，濃度過高會降低PCR擴增的特異性，濃度過低則影響PCR擴增產量甚至使PCR擴增失敗。

c．反應體系：反應體系配制錯誤，建議重復實驗。通常進行PCR預實驗采用的是小體系，正式實驗如需擴大體系時，一定要重新摸索條件，否則容易出現擴增效果不理想或者失敗。