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智能集菌儀可以用于檢測各種致病菌或微生物，以及對發酵類食品發酵效果進行評估，從而保障生產食品的安全質量。可以用于對各種臨床標本，如血液、尿液、腦脊液等進行高速識別和自動分類，幫助醫生制定更加準確的治療方案。可以用于幫助研究人員快速篩選出有價值的微生物，加速相關領域的科學研究。可以用于采集細菌樣本，如在水系污染、空氣質量等相關問題中提供解決方案。
智能集菌儀的集菌方式是通過定向蠕動加壓作用，將供試品中的微生物截留收集在濾膜上，然后通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。具體操作：
1.將集菌培養器放置在智能集菌儀上。
2.將供試品通過進樣管道連續被注入集菌培養器中。
3.集菌培養器內形成的下壓，通過0.22m、0.45m、0.8m孔徑的濾膜過濾，供試品中可能存在的微生物被截留收集在濾膜上。
4.通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。
5.把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中。
6.放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。
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