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當浮游菌采樣器進入水中后，采樣容器會自動灌滿水樣。然后，水樣通過采樣容器底部的一個或多個小孔進入過濾網。過濾網的孔徑通常為0.2微米，只有浮游菌等較小的生物體能夠通過。由于水樣中的浮游菌通常非常微小，具有較小的密度和質量，因此它們能夠通過過濾網進入采樣容器中。而大于0.2微米的固體顆粒和生物體則會被阻擋在過濾網上，不會進入采樣容器。這樣，收集到的樣品就主要是浮游菌。
采樣結束后，浮游菌采樣器可以從水中取出，并將采樣容器中的水樣送往實驗室進行進一步分析。常用的分析方法包括利用顯微鏡觀察和計數浮游菌的數量，以及進行測定浮游菌的物種組成和群落結構等。其原理基于過濾技術，通過設置特定的孔徑大小，能夠選擇性地捕捉水中的浮游菌。然而，需要注意的是，只能捕捉到浮游菌等較小的生物體，無法收集到較大的微生物和固體顆粒。因此，在分析浮游菌樣品時需要結合其他采樣技術和方法，綜合考慮不同生物體的特性和要求。
浮游菌采樣器具體的應用領域包括：
1.水源地水質監測：可以在水源地對水體中的浮游菌進行定量采樣，用于監測水質的安全性和適用性。
2.污染源識別與監測：可以用于監測工業廢水、農業排放、城市污水等污染源對水體中浮游菌群落的影響，從而進行污染源識別與監測。
3.水生生物學研究：浮游菌在水生生物學中具有重要的生態功能，可用于研究浮游菌的群落結構、物種組成、生物多樣性等，以及浮游菌與其他生物之間的相互作用。
4.水環境保護與監管：可以用于監測河流、湖泊、海洋等水域的生態環境質量，為環境保護和監管提供參考數據。
5.水產品安全性評估：可以用于監測水產品中的浮游菌污染情況，評估水產品的安全性。
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