細胞培養基滅菌的方式分為高壓滅菌和膜過濾除菌，不同的培養基由于其營養成份不同，滅菌方式也可能不同。

　　某些培養基（如MEM）可進行高壓滅菌，這類培養基一般不含有L-谷氨酰胺和碳酸氫鈉，一般是在培養基高壓滅菌后才加入。另外可用耐高壓的谷氨酸鹽（如L-丙氨酰-L-谷氨酰胺）代替L-谷氨酰胺。可高壓滅菌的培養基在121℃、15 psi，15分鐘的條件下wan全可達到滅菌效果及營養成分的最小損失，不需將滅菌時間延長。

　　絕大多數細胞培養基不適宜高壓滅菌。因培養液中常含有維生素、蛋白質、多肽、生長因子等物質，這些物質在高溫或射線照射下易發生變性或失去功能，因而上述液體多采用過濾消毒以除去細菌。可供過濾滅菌使用的濾膜很多，其材料多為polyethersulphone（PES）、尼龍、多聚碳酸鹽、醋酸纖維素、硝酸纖維素、PTFE、陶瓷等。膜過濾除菌是當前較為常用及便捷的一種方法，常采用0.2 μm孔徑的濾膜，部份采用0.1 μm孔徑。與高壓過濾方式相比，濾膜具有使用期限且價格較高，但對細胞培養基的營養成份破壞性較小。

　　細胞培養基存儲注意事項

　　通常液體細胞培養基避免-20 ℃凍存，因為解凍時可能會有營養成份析出，影響培養效果。正常情況下于2 ~ 8 ℃避光保存，使用前從冰箱取出，放入室溫進行平衡。通常的液體培養基有效期是6個月到12個月。液體細胞培養基盡量避免長期貯存，其中的谷氨酰胺會隨著儲存時間的延長而慢慢分解，如果細胞生長不良，可考慮檢測培養基中的谷氨酰胺含量確定是否再補加谷氨酰胺。市售商業化液體細胞培養基有具體的有效期，對于使用干粉細胞培養基自行配制成液體以后，也應低溫（2 ~ 8 ℃）貯存。除培養基中如谷氨酰胺易降解之外，培養基中的其他成份隨著溫度的升高也可能會發生降解或是析出。