用Trizol法沉淀RNA容易有一些雜質的。部分色素是會和RNA一起沉下來。這種情況可以用75%冷的乙醇多洗幾遍。對后續qRT-PCR多數情況下沒什么影響。

另外可以用硅膠柱法純化RNA，色素殘留會少一些。

RNase污染的來源

1：手指頭 – 手指頭是外源酶的第1來源，所以必需戴手套并且頻繁更換。另外，口罩也必需戴，因為呼吸也是一個重要的酶來源。戴手套口罩的另外的好處是保護實驗人員。

2：槍頭，離心管，移液器 單純的滅菌是不能滅活RNase的，所以槍頭和離心管要用DEPC處理，即使是標明為DEPC處理過的。移液器最/好是專用的，用前用75%的酒精棉球搽拭干凈，尤其是桿子；另外，一定不要使用褪頭器。

3：水/緩沖液 一定要確保無RNase污染。

4：實驗臺面最起碼要用 75% 的酒精棉球搽拭干凈。

5：內源 Rnase 所有組織均含內源酶，故組織用液氮速凍是降低降解的最/好辦法。液氮保存/碾磨方法的確不方便，但對有一些內源酶含量很高的組織，卻是唯1的辦法。

6：RNA 樣品 RNA抽提產物可能都會含痕量的RNase污染。

7：質粒抽提 質粒抽提往往用到RNase降解RNA，殘留的RNase要用 Proteinase K 消化，PCI 抽提。

8：RNA 保存 即使低溫保存，痕量的RNase亦會導致RNA降解。長/期保存RNA的最/好辦法是鹽/醇懸液，因為醇在低溫時抑制所有的酶活性。

9：陽離子 (Ca, Mg) 在含這些離子時，80℃加熱5分鐘會導致RNA被剪切，故如果RNA需要被加熱，保存液需要含螯合劑(1mM Sodium Citrate, pH 6.4)。

10：后續實驗所用的酶 酶均有可能被Rnase污染。