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多肽合成儀是一種高效、自動化的儀器設備，廣泛應用于生物醫藥、生物科學研究、醫藥化學等領域。其原理主要基于固相合成法，即在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序不斷添加、反應、合成，最終得到多肽載體。這種合成方法大大減輕了每步產品提純的難度。
多肽合成儀以固相合成為反應原理，首先將所要合成肽鏈的羥末端氨基酸的羥基，以共價鍵的結構和一個不溶性的高分子樹脂相連，然后以此結合固相載體上的氨基酸作為氨基組份，經過脫去氨基保護基并同過量的活化羧基組分反應，接長肽鏈。通過重復操作，如縮合、洗滌、去保護、中和及洗滌、下一輪縮合等，達到所要合成的肽鏈長度。最后，將肽鏈從樹脂上裂解下來，經過純化等處理，即得所要的多肽。
根據多肽保護基團的不同，固相合成法又可以分為BOC固相合成法和FMOC固相合成法，α-氨基用BOC(叔丁氧羰基)保護的稱為BOC固相合成法，α-氨基用FMOC(9-芴甲氧羰基)保護的稱為FMOC固相合成法。
此外，市場上有多款多肽合成儀供選擇，例如CEM公司的高通量微波多肽合成儀Liberty Prime 2.0，具有自動的氨基酸和試劑添加方式，合成規模可達0.0005~5mmol，合成純度超過70%等特點。
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