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親水親脂平衡柱在使用過程中需要注意以下幾點：
柱平衡的影響：親水親脂平衡柱的柱平衡對分離效果具有重要影響。在平衡之前，要確保所使用的流動相與柱子的保存溶劑（如乙腈/水）互溶。新柱在使用前應先以一定倍數的柱體積的甲醇或純乙腈作為流動相進行沖洗。如果流動相中含有緩沖鹽或離子對試劑，還應注意在乙腈沖洗后用高比例水進行“過渡”，以防止鹽析出。
流動相的選擇：由于親水親脂平衡柱的特殊性質，流動相的選擇對于分離效果至關重要。需要選擇能夠同時滿足親水性和親脂性物質分離的流動相。
操作壓力：在使用固相萃取柱時，提供的真空壓力不應過大，以避免對柱子造成損害。同時，系統的負壓力也應控制在一定范圍內。
安裝與檢查：固相萃取柱與接頭應安裝配合好，確保系統能夠達到設定的壓力。在使用過程中，如果發現系統壓力異常，應檢查各接頭是否擰緊，氣壓蓋密封墊是否平整。
玻璃器件的放置：在操作過程中，玻璃器件應放置平穩，避免因為操作不當導致柱子破損或液體濺出。
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