MeDIP甲基化測序

簡介

MeDIP-Seq（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing）測序是基于抗體富集原理進行測序的全基因組甲基化檢測技術，采用甲基化DNA免疫共沉淀技術，通過5'-甲基胞嘧啶（5mC）抗體特異性富集基因組上發生甲基化的DNA片段，然后通過高通量測序可以在全基因組水平上進行高精度的CpG密集的高甲基化區域研究。

hMeDIP-Seq（hydroxymethylcytosineDNAImmunoprecipitationSequencing）測序基于原理同MeDIP-Seq。利用5'-羥甲基胞嘧啶（5hmC）抗體特異性富集基因組上發生甲基化的DNA片段。5hmC是新發現的一種的修飾堿基，由10-11易位（TET)家族的酶通過氧化5mC產生的。5hmC不僅能夠降低MeCP蛋白的甲基化結合結構域(MBD)與甲基化DNA的親和性，具有潛在的參與基因表達調控的轉錄調節功能，而且參與了DNA去甲基化過程

研究人員可以利用MeDIP-Seq和hMeDIP-Seq技術快速有效地尋找基因組上的甲基化區域，從而比較不同細胞、組織或疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異，為生物學研究或臨床應用方案提供理論證據。
流程圖

 

 

技術優勢

1、全轉錄組范圍研究mRNA的甲基化位點；

2、通過抗體富集的方法，充分利用了抗體的靈敏性；

3、分析方法類似ChIP-seq，數據分析相對成熟。

簡

表觀遺傳修飾不僅發生在基因組層面（DNA甲基化），同樣在轉錄組層面也有表觀修飾，并且其中重要的轉錄后調控功能。早在四十年前，人們就發現信使RNA上存在著腺嘌呤上的甲基化修飾（m6A）。這種m6A修飾非常普遍，出現頻率大約是3-5個殘基/mRNA。m6A甲基化修飾是可逆的，而且可能受到了動態調控。m6A的甲基化和去甲基化受到甲基化酶復合體METLE3，METLE14，WTAP和去甲基化酶FTO調控。m6A在人類和小鼠的轉錄組中非常保守，這說明這種修飾很可能具有重要的功能。m6A與mRNA剪切，生物鐘調節，mRNA的穩定性相關。此外，m6A通過招募YTHDF2誘導mRNA從翻譯中的核糖體轉移到細胞質的P-body，并在那里被降解。而且mRNA的降解程度與其甲基化位點數有關。
       對于mRNA甲基化的檢測，目前采用：甲基化mRNA富集并結合高通量測序（MeRIP-Seq,m6A-specificmethylatedRNAimmunoprecipitationwithnextgenerationsequencing）的方法。MeRIP-Seq的原理是：由于在哺乳動物中mRNA甲基化一般發生在腺嘌呤的第6位氮原子上，所以可通過特異性結合m6A抗體富集高甲基化的mRNA片段，并結合第二代高通量測序，對富集到的mRNA片段進行測序，從而檢測全轉錄組范圍內的甲基化位點。


流程圖

技術優勢

1、靈活度高：能夠直接對任意物種的轉錄組高甲基化片段進行測序，無需已知的基因組序列信息。

2、檢測范圍廣：覆蓋整個轉錄組范圍的甲基化區域。

3、精確度高：能夠在實際結合位點100-200個堿基范圍內精確定位

4、數字化信號：直接對甲基化片段進行定量和測序，不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。