應用簡介
       DNA甲基化是基因表達調控的一種重要機制，DNA甲基化檢測是指利用各種方法對腫瘤細胞DNA甲基化程度進行測定。在惡性腫瘤的發展中，甲基化的狀態并不是一成不變，腫瘤細胞內全基因組的低甲基化程度與疾病進展、腫瘤大小和惡性程度都有密切的關系，DNA甲基化檢測對腫瘤惡性程度的判斷有重要意義。
技術原理
       DNA甲基化是基因表達調控的一種重要機制，DNA甲基化檢測是指利用各種方法對腫瘤細胞DNA甲基化程度進行測定。在惡性腫瘤的發展中，甲基化的狀態并不是一成不變，腫瘤細胞內全基因組的低甲基化程度與疾病進展、腫瘤大小和惡性程度都有密切的關系，DNA甲基化檢測對腫瘤惡性程度的判斷有重要意義。
       甲基化特異性的PCR（Methylation-specificPCR，MSP）
       Herman等（1996）在使用重亞硫酸鹽處理的基礎上新建的一種方法。該方法敏感性高，主要用于作定性研究。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變；隨后設計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產物，如果用針對處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段，則說明該位點存在甲基化；反之，說明被檢測的位點不存在甲基化。 
       特點：適用范圍廣，能夠檢測特異位點是否發生甲基化。
       亞硫酸氫鹽測序法（BisulfitesequencingPCR，BSP）
       亞硫酸氫鹽修飾后測序法（BSP）Frommer等（1992）提出的研究DNA甲基化方法，此方法可靠性及精確度高，能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設計BSP引物進行PCR，在擴增過程中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶，最后對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發生甲基化，稱為BSP-直接測序法。將PCR產物克隆至載體后進行測序，可以提高測序成功率，這種方法稱為BSP-克隆測序法。
       特點：精確度高，能夠準確檢測出甲基化的程度百分比。
實驗方法

常見問題
       怎樣確定基因的目標區域來進行甲基化分析呢？
       轉錄起始位點附近的CpG島進行DNA甲基化分析的shou選區域，一般位于啟動子或者5‘UTR區。
       為什么文獻報導的甲基化序列不在CpG島中？
       沒有明顯的CpG島不代表就沒有甲基化，甲基化也可能發生在并不密集的CG區域。
       BSP甲基化擴增得到的PCR產物可否直接測序，為什么需要構建TA克隆后測序？
       如果進行PCR產物測序就有可能在原有的C位點得到雙峰圖，無法確定甲基化的程度。