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解決方案 | 多重PCR建庫技術(shù)多領(lǐng)域“競”顯身手!

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2024年12月05日 09:48  

多重PCR(multiplex Polymerase Chain Reaction,mPCR)也稱復(fù)合PCR,由Chambehian'于1988年提出。其基本原理與常規(guī)PCR相同,區(qū)別在于多重PCR反應(yīng)體系加入一對以上引物,各對引物分別結(jié)合在模板相對應(yīng)部位,最終擴增出一條以上目的DNA片段。而多重PCR建庫技術(shù)是一種整合多重PCR及高通量測序的靶向測序技術(shù)。該方法具有成本低、檢測效率高、應(yīng)用靈活、適應(yīng)性廣等特點,在病原微生物檢測、遺傳病/腫瘤突變檢測、植物分子育種等研究中都有廣泛的應(yīng)用。

 

 

多重PCR建庫技術(shù)一覽

 

 

 

多重PCR建庫技術(shù)在微生物檢測中的應(yīng)用

 
01

病原tNGS

2023年首部專家共識指南落在了病原種類單一的結(jié)核領(lǐng)域,充分體現(xiàn)了tNGS的特點:針對性強、意義明確。如今tNGS技術(shù)相繼用于呼吸道感染、血流感染、泌尿系統(tǒng)感染、神經(jīng)系統(tǒng)感染和生殖道感染等領(lǐng)域,tNGS賽道持續(xù)升溫。與此同時,tNGS技術(shù)流程和測序方面等不斷迭代升級,從兩步法建庫到一步法擴增產(chǎn)品需求火熱,從手工建庫到兼容自動化防污染把控,從二代測序到三代測序(納米孔測序)產(chǎn)品迅速登上舞臺,不斷追求更快、更方便和更友好。
02

微生物多樣性檢測

16S rRNA擴增子測序技術(shù)是微生物群落多樣性檢測常用的組學技術(shù)之一,該技術(shù)無需對微生物分離培養(yǎng),直接提取樣本里面所有微生物的基因組,利用合適的通用引物擴增16S rDNA/18S rDNA /ITS等高變區(qū)或其他功能基因,采用高通量測序儀Miseq、Hiseq或Novaseq對其進行測序,通過生物信息學分析可以獲得特定實驗樣品中細菌、真菌或古菌等的物種組成、物種豐度、系統(tǒng)進化、群落比較等諸多信息。

 

 

多重PCR建庫技術(shù)在動植物檢測中的應(yīng)用

 
01

品種鑒定

多核苷酸多態(tài)性(Multiple Nucleotide Polymorphism,MNP)標記法是繼簡單重復(fù)序列(SSR)標記法和單核苷酸多態(tài)性SNP標記法后,于2020年成為植物品種鑒定的另一個國家標準(GB/T38551-2020)。其基本原理是在基因組內(nèi)存在多個SNP位點,將這些不同SNP位點的等位基因型組合起來,用于區(qū)分不同的個體DNA。基于高通量測序的MNP標記檢測,需要將待測樣品DNA和混合MNP標記引物在一次PCR體系中擴增并測序這些位點的序列。MNP位點會通過二代測序重復(fù)檢測上千次,根據(jù)測序后得到的標記位點數(shù)進行遺傳相似度的計算,最后對比待測品種與對照品種的遺傳相似度來定論,結(jié)果重現(xiàn)性和準確性都會得到提升。
02

植物分子育種

在傳統(tǒng)植物育種中,遺傳變異是通過視覺選擇進行鑒定。隨著分子生物學的發(fā)展,分子標記輔助育種解決了傳統(tǒng)利用表型篩選的作物育種方式成本高,周期長,費時費力的問題,逐步從“經(jīng)驗育種”走向“精確育種”?;诙嘀豍CR和基于目標區(qū)域基因組序列液相捕獲精準定位SNP/INDEL基因型分型測序技術(shù),將位點選擇高靈活性、樣品數(shù)量靈活性、高通量、高靈敏度、低成本多項優(yōu)勢有效結(jié)合,實現(xiàn)對全基因組上特定基因位點變異的高通量靶向篩查。

03

遺傳多樣性分析

多重PCR靶向捕獲測序可用于對植物種群中的遺傳多樣性進行分析。通過選擇性引物捕獲特定基因組區(qū)域并對多個樣本進行測序比較,可以研究不同品種或種群中的遺傳差異和多態(tài)性,為植物種質(zhì)資源的保護和利用提供重要的分子標記信息。

04

動植物病蟲害檢測

多重PCR技術(shù)可以針對多種植物病原真菌、細菌、病毒、線蟲等進行靶向檢測,對病害的流行預(yù)警、溯源和防控管理等具有重要作用。

 

 

多重PCR建庫技術(shù)在疾病研究及相關(guān)檢測中的應(yīng)用

 
01

遺傳病檢測

在輔助生殖領(lǐng)域,胚胎植入前基因篩查(PGS)可以幫助提高懷孕成功率。但需要在胚胎發(fā)育階段可用于檢測的胚胎細胞細胞數(shù)量極少,采用超多重PCR的方式進行全基因組規(guī)模的擴增會大大增加檢測的敏感性和特異性。億康醫(yī)療ChromInst®一步法單細胞擴增建庫技術(shù),無需對胚胎活檢,只需通過對胚胎的培養(yǎng)液進行一步法全基因組擴增和高通量測序,結(jié)合AI技術(shù)評估胚胎移植順序。此外多重PCR建庫技術(shù)用于新生兒進行相關(guān)檢查、遺傳病及攜帶者篩查的優(yōu)勢在于一次檢出通量大于傳統(tǒng)檢測方法,同時相比于外顯子組測序具有更低的價格。
02

腫瘤基因檢測

臨床腫瘤基因檢測主要有家族遺傳性腫瘤檢測(檢測胚系基因突變)、腫瘤組織體細胞基因突變檢測(腫瘤分子分型、用藥指導(dǎo)等)、游離DNA基因突變檢測(腫瘤動態(tài)監(jiān)測,耐藥評估等),腫瘤樣本靶向NGS分析的建庫方法主要有兩種:雜交捕獲法和擴增法。泛生子一步法擴增建庫技術(shù)(中國發(fā)明ZL201710218529.4),利用特定引物通過一步PCR擴增,結(jié)合生物信息算法分析,可檢測多種類型的變異信息,包括點突變、小片段插入/缺失、拷貝數(shù)變異、基因融合變異、甲基化修飾和RNA表達量變化等。除用于多種靶向藥基因突變進行同時鑒定以指導(dǎo)用藥之外,對于微量DNA信號的特異性放大能力在cfDNA檢測及血液腫瘤治療后微小殘留病(MRD)的鑒定等領(lǐng)域也具有極大的優(yōu)勢。

 

 

多重PCR建庫技術(shù)多領(lǐng)域賦能,滿足不同應(yīng)用的檢測需求。翌圣多款多重PCR建庫產(chǎn)品滿足眾多客戶的不同需求,助力多重PCR建庫技術(shù)大顯身手!

 

 
產(chǎn)品信息
 

應(yīng)用

產(chǎn)品類別

產(chǎn)品名稱

貨號

備注

病原tNGS

逆轉(zhuǎn)錄

Hieff NGS® 1st Strand Synthesis Kit

12249ES

常規(guī)逆轉(zhuǎn)錄

Hieff NGS® 1st Strand Synthesis Mix

12958ES

逆轉(zhuǎn)錄預(yù)混液

多重PCR預(yù)混液

4×Hieff® Multiplex PCR Master Mix

12948ES

-

一步法RT-PCR

Hieff® Multiplex RT-PCR Kit

12950ES

-

微生物檢測

16S 檢測

16S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit For Illumina

12983ES

16S V3-V4

Hieff NGS® Multiplex Long PCR Master Mix

17228ES

16S全長擴增

遺傳病檢測

多重擴增預(yù)混液

2×Hieff NGS® HG Multiplex PCR Master Mix 2×高GC多重PCR預(yù)混液

13283ES

-

分子育種檢測

多重擴增預(yù)混液

2×Hieff® C2P4 Blood Direct Multiplex PCR Master Mix

13606ES

-

腫瘤突變檢測

多重擴增預(yù)混液

5× Hieff Canace® PCR Master Mix 高保真酶預(yù)混液 (for multiplex PCR)

10137ES

-


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